Объект popup отображает фрагмент html-кода поверх всех открытых окон (always on top). Его хорошо использовать, когда необходимо показать меню и/или рисунки, которые были подготовленны для показа отдельно от основного документа.
Вполне возможно, что вы использовали для этих целей метод open() объекта window. Но объект popup можно использовать для придания страничке динамичности, что не скажешь про window.open().

Далее представлены несколько особенностей объекта popup:

Объект popup автоматически закрывается при клике за его границы, или при открытии другого popup-а.
Вокруг объекта popup нет границы (рамки).
При открытии popup не имеет фокуса, т.е. процессы основного документа продолжают работать.
Объект popup (точнее его код) не поддерживает текстовых полей (теги input и textarea).
В объекте popup нельзя ничего отмечать.
Переход по ссылке в самом popup-е невозможен (ссылка откроется в основном окне документа).
Объект popup нельзя передвигать, и нельзя изменять его размеры.
Для использования таких эффектов с window.open() приходится писать отдельные функции.

Объект popup создается методом createpopup объекта window, затем popup можно открыть методом show, а закрыть методом hide.

А вот, пример использования объекта popup:

< html>< head>< title>
popup навигация< /title>

< script language=jscript>
// заранее cоздаем объект
var opop = window.createpopup();

function conmenu(n){
// mx - x координата мыши.
var mx = event.x;
// my - y координата мыши.
var my = event.y;

with(opop.document.body){
style.border = "2px outset";
bgcolor = "buttonface";
innerhtml = conhtml.innerhtml;
}
opop.show(mx, my, 160, 20*n, document.body);
}
< /script>< /head>
< body bgcolor=f5f5f5 text=black
oncontextmenu="conmenu(4);return false;">
< h3>Пример использования
объекта < code>popup< /code>
в качестве контекстного меню.< /h3>
< p>Кликните правой кнопкой мыши
в любом месте документа.

< div id=conhtml style=display:none;>
< div id=sec1 style="cursor:hand;
margin:1px;font:8pt sans-serif;
height:18px; padding:2px;
background:buttonface;color:windowtext"
onmouseover='this.style.background="window"'
onmouseout='this.style.background="buttonface"'
onclick='parent.location.href="http://xix.by.ru/notes/"'
>< li>xix:lab - заметки< /div>
< div id=sec2 style="cursor:hand;
margin:1px;font:8pt sans-serif;
height:18px; padding:2px;
background:buttonface;color:windowtext"
onmouseover='this.style.background="window"'
onmouseout='this.style.background="buttonface"'
onclick='parent.location.href="http://xix.by.ru/forums/"'
>< li>xix:lab - форумы< /div>
< hr width=96%>
< div id=sec3 style="cursor:hand;
margin:1px;font:8pt sans-serif;
height:18px; padding:2px;
background:buttonface;color:windowtext"
onmouseover='this.style.background="window"'
onmouseout='this.style.background="buttonface"'
onclick='parent.location.href="http://javascript.r2.ru/"'
>< li>aptem's homepage< /div>
< /div>
< /body>< /html>