Есть два подхода к сравнению языков программирования: религиозная война и «a нам всё равно». Я постараюсь втиснутся между ними и начну с общего. Ключевой особенностью и Java, и C# является автоматическое управление памятью. Конечно, оба языка из-за этого совершенно не подходят для написания ядра операционной системы, но зато существенно упрощают разработку прикладных программ, потому что:

остаётся меньше возможностей для memory leak;
не надо писать код для освобождения памяти;
можно написать f(g(x)) и не думать об освобождении памяти от результата g(x).

Итак, мы имеем две массовых платформы для разработки программного обеспечения, на каждой из которых работают миллионы программистов; за каждой стоят мировые софтверные гиганты, но ни одна не имеет революционных преимуществ.

Влияние Microsoft
Исторически Java появилась раньше .NET и потихоньку захватывала рынок не только серверного ПО, но и GUI-приложений для корпоративных клиентов, потому что C++ сложноват для рисования формочек, Visual Basic не похож на язык для крутых девелоперов, а Borland инвестировал в Java больше, чем в Delphi.

Но чем больше приложений на Java, тем меньше потребность в Windows, поэтому Microsoft решил не поддерживать Java, а создать .NET, чтобы стимулировать разработку программ для Windows. Кончено, какая-то кроссплатформенность у .NET есть, но, с точки зрения Windows, .NET стремится стать частью операционной системы, как Internet Explorer. Карьера .NET-разработчика предполагает тесные партнёрские отношения с Microsoft, включая использование среды разработки Visual Studio, базы данных MS SQL и системы контроля версий Visual SourceSafe.

Нужно отдать должное маркетингу Microsoft, многие компании предпочитают думать о программном обеспечении не выходя за рамки видения Microsoft. Иногда из-за этого приходится откладывать в сторону любимую Java и брать в руки C#. Хорошая новость в том, что накопленный в Java опыт помогает и в .NET, а развитие .NET стимулирует прогресс Java.

CVS vs. VSS
Большинство Java-разработчиков привыкли к CVS, после этого переход на Visual SourceSafe в сочетании с реализацией интеграции с ним в Visual Studio и концепцией solutions-projects воспринимается весьма болезненно. Справедливости ради стоит отметить, что переход на CVS в большом проекте теоретически возможен, но вызовет крайне негативную реакцию людей, привыкших к VSS.

В этом месте можно было бы немного помахать кулаками на тему «почему CVS лучше VSS», но я этого делать не буду, потому что CVS тоже не идеален, и есть такой проект как Subversion, который открыто позиционируется в качестве замены CVS. Microsoft тоже не считает VSS своим флагманским продуктом и готовит ему замену в виде Visual Studio 2005 Team System.

Влияние VB.NET
Программы на многих языках могут быть скомпилированы в байт-код для JVM, но практически абсолютно всё программное обеспечение для платформы Java написано именно на Java. Для .NET примерно с равной вероятностью проект может разрабатываться как на C#, так и на VB.NET, причём очень часто используются сразу оба языка.

Понятно, что C# и VB.NET практически не имеют между собой отличий, кроме синтаксиса, но вносят раздробленность в сообщество разработчиков. Даже если использовать только на C#, то в результатах поиска по документации всегда будут путаться материалы, относящиеся к VB.NET. В десктоп-версии MSDN можно настроить фильтр по языку программирования, но всё равно, на мой вкус, документация по Java значительно удобней и понятней.

Разработка GUI
Разработка GUI на C# являет типичным примером RAD, как Delphi. На Java GUI, как правило, делается при помощи Swing. Хотя Swing весьма объёмен и сложен, хорошая продуманность и расширяемость архитектуры в сочетании с доступными исходными кодами позволяет разрабатывать GUI любой сложности.

Разработка веб-приложений
Я съел собаку на разработке веб-приложений на Java, но никогда не использовал ASP.NET; тем не менее, я вполне допускаю, что ASP.NET имеет определённые и весьма существенные преимущества при создании небольших сайтов. Однако, эти преимущества выделяют веб-приложения в отдельный сегмент, очень многие .NET-разработчики специализируются либо только на GUI, либо только на веб. На Java веб-приложения можно создавать без использования каких-либо специфических технологий вроде JSP, JSTL или Struts: extends HttpServlet — и вперёд!

Конечно, рынок разработки сайтов Java без боя не отдаст, можно ожидать новостей от JavaServer Faces или от Fabrique. В любом случае, делать веб-странички — это не самый сложный класс задач для современных языков программирования.

Is everything object?
В Java очень популярен лозунг "Everything is object", в C# это не так. Первое, что бросается в глаза — наличие структур в C#. Очевидно, что есть мотивы использовать структуры для повышения производительности, но мне кажется, что современные компьютеры достаточно производительны, чтобы не добавлять ещё одну сущность в язык.

Также, вместо анонимных классов в C# используются делегаты, это такая идея о том, что если у метода есть определённый набор аргументов и заданный тип возвращаемого значения, то совершенно не важно, как он называется, является ли он статическим и прочие глупости — можно его дёргать.

Если уж зашла речь о delegate, то нужно упомянуть и об event — они действительно сокращают размер кода при разработке GUI, хотя и ценой отступления от идей ООП.

В определённой степени C# менее лаконичен, не вдаваясь в подробности, ограничусь упоминанием ключевых слов virtual, override, ref, out и param, не имеющих аналогов в Java.

Влияние платформы на самосознание программистов
Безусловно, больше всего на качество программного обеспечения влияет качество самих разработчиков, а не язык программирования. Тем не менее, мой опыт говорит о том, что в подавляющем большинстве проектов на Java для build management используется Ant, а в .NET очень часто билды делаются встроенными средствами Visual Studio, хотя аналогичные инструменты существуют и для .NET. Кроме этого, в C# нет чётких правил наименования классов и их размещения на диске, что часто вносит дополнительную путаницу (конечно, квалифицированные программисты успешно борются с этой проблемой).

В С# нет checked exceptions, есть даже объяснение почему. Такое решение имеет свои резоны, но если компилятор не контролирует обработку checked exception, то нужно больше рассказывать об обработке ошибок через другие коммуникационные каналы, иначе появятся программисты, которые вообще не будут знать, что такое exception.

Тигры рвутся вперёд
Есть области, в которых Java доминирует безусловно, например, игры для мобильных телефонов или технология JavaCard. Однако, борьба между C# и Java за долю на рынке будет идти ещё долго, обе платформы будут совершенствоваться, например, в Java 5 и .NET 2.0 появится поддержка generics.

Очевидно, что успех каждого конкретного проекта зависит не от языка программирования, а от понимания задачи, умения давать методам понятные названия, способности избегать дублирования кода и других общечеловеческих ценностей.